卡爾文循環不是暗反應. 圖片來源:維基百科 - 葉綠舒Susan Yeh
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身為大學生物老師,每年教光合作用(photosynthesis)時,常覺得高中老師的影響力真的很大!再三提醒大家,卡爾文循環(Calvin cycle)不是暗反應, ...
GetunlimitedaccessOpeninappHomeNotificationsListsStoriesWrite卡爾文循環不是暗反應圖片來源:維基百科身為大學生物老師,很多時候常覺得國/高中老師的影響力真的很大!這尤其在我企圖扭轉一些國/高中生物的錯誤觀念時,最能感受到這一點。
每年教光合作用(photosynthesis)時,總是要再三提醒大家,卡爾文循環(Calvincycle)不是暗反應,因為1.它需要光反應的ATP(能量)與NADPH(電子)。
2.好幾個卡爾文循環的酵素需要光反應先啟動才能被活化。
所以卡爾文循環在無光的時候是不會動的。
當然不是暗反應。
不過在大一生物時,因為課本的限制,通常第二點沒有辦法講得很清楚,頂多就是點到為止。
但是讓我感到挫折的是,到考試的時候,當我問「為什麼卡爾文循環不能叫做暗反應?」時,學生還是會寫出以下各種答案:1.因為它在有光的狀況下也能進行。
(OS:所以你還是認為它是暗反應)2.因為它整天都可以進行。
(OS:所以你還是認為它是暗反應)3.這句話是錯的,因為卡爾文循環在黑暗中可以進行。
(......)當然,問題的源頭在國/高中老師。
畢竟植物的部份在國/高中生物原本就不受重視,所以國/高中老師自己當年學得也不多、到了大學雖然師培有要求要上「植物生理學」,但是很多師培生其實都學得很不專心、所以等到當老師的時候,真的能帶到課堂上去講的部份也不多,於是就稀哩呼嚕的亂上一通、我甚至聽過因為教人體生理花太多時間,植物的部份乾脆讓學生回去自己看的(...OMG)。
但是等到考試的時候,又非考不可!於是很多老師乾脆就給一些答案讓學生背,而且都是根據之前的印象囉…據說光合作用屬於高三進階生物範圍(國中我就不知道屬於那一年級了),也就是說學測不考但是畢業考會考,所以國/高中老師們就一直在教同學「卡爾文反應也稱為暗反應」,有些雖然知道卡爾文反應需要光反應的能量與電子,但還是有一套說法會讓學生認為卡爾文反應在黑暗中還是可以進行(後面我會說明),所以這一套強大的認知就這樣帶到大學來荼毒教植物的老師了!因為決定要從源頭開始抓,所以才會有這篇文章;我接下來要分三個部份來講「為什麼卡爾文循環不是暗反應」。
一、卡爾文循環需要光反應提供能量(ATP)與電子(NADPH)。
如一開始的圖上說明的,一般我們都會把卡爾文循環切成三個階段來看:1.二氧化碳固定(CO2fixation,也稱為固碳carbonfixation、碳同化carbonassimilation),就是把空氣中的二氧化碳抓下來、跟一個磷酸五碳糖(核酮糖1,5-二磷酸,ribulose1,5-bisphosphate,Ru1,5-BP)發生鍵結,產生兩個磷酸三碳糖(3-磷酸甘油酸,3-phosphoglycerate)。
2.還原(reduction),就是把3-磷酸甘油酸轉化為甘油醛3-磷酸(glyceraldehyde3-phosphate,G3-P)。
3.核酮糖再生(regenerationofribulose1,5-bisphosphate,也被稱為再生regeneration),當然就是想辦法再產生核酮糖1,5-二磷酸,這樣卡爾文循環才能生生不息。
其中的「還原」與「核酮糖再生」需要ATP與NADPH。
二氧化碳是碳的最氧化的形式,要讓它變成糖,植物要消耗ATP來提升它的能階;另外植物也要提供給它電子,讓它被還原為糖。
以一個G3-P來看(一個G3-P有三個碳,所以等於植物要抓三個二氧化碳才能合成一個G3-P),「還原」這個步驟需要6個ATP與6個NADPH,而「核酮糖再生」這個步驟需要3個ATP。
也就是說,每合成一個G3-P需要9個ATP與6個NADPH。
這麼多的能量與電子那裡來?當然是光反應供給啊!卡爾文循環並沒有內建任何產生能量與電子的反應,所以沒有光反應、就沒有推動卡爾文循環的動力。
這其實也可以從「光合作用誘導期」(photosyntheticinductiontime)這個現象看出來。
「光合作用誘導期」是指當植物從長時間的黑暗狀況(比方說黑夜)轉到黎明時,雖然理論上馬上就可以進行光合作用產生糖,但實際上要過一段時間才會有糖的產生。
這是因為當植物進入黑暗狀況(如:太陽下山)後,一開始因為還有一些殘餘的ATP與NADPH,同時葉綠體裡面也還有一些沒用完的質子(氫離子)濃度差繼續用來產生ATP與NADPH,所以這時候卡爾文循環還可以跑一小段時間;但很快就會因為光反應後繼無力就停下來了。
雖然卡爾文循環停下來了,但是裡面的一些化合物(如G3-P、3-PGA、果糖6-磷酸等)與其他的代謝反應是共通的,這會造成幾個小時以後,這些化合物以及一開始的Ru1,5-BP濃度都降到很低。
於是當陽光重新灑遍人間時,植物需要先花一點時間提高卡爾文循環裡面的化合物的濃度,接著才能開始製造糖。
二、好幾個卡爾文循環的酵素需要光反應先啟動才能被活化。
這幾個酵素有兩個位於「核酮糖再生」這個步驟:第一個是核酮糖5-磷酸激酶(Ribulose5-phosphatekinase,PRK),第二個是景天庚酮糖1,7-二磷酸酶(Sedoheptulose1,7-bisphosphatase,SBPase);另外有兩個則除了在卡爾文循環中擔任重要的角色以外,在醣解作用(glycolysis)與醣類新生作用(gluconeogenesis)中也擔任重要的角色:位於「核酮糖再生」步驟中的果糖1,6-二磷酸酶(Fructose1,6-bisphosphatase,FBPase-1)與位於「還原」步驟中的甘油醛3-磷酸脫氫酶(Glyceraldehyde3-phosphatedehydrogenase,G3PDH)。
這四個酵素只在還原態時有活性,而負責還原它們的蛋白質是硫氧還蛋白(thioredoxin);硫氧還蛋白的電子來源則是來自於光反應。
也就是說,在光反應不運作的狀況下,沒有還原態的硫氧還蛋白、當然這四個酵素也就不會被活化、於是卡爾文循環也就動不了了。
當然在太陽下山、黑暗降臨大地以後,這四個酵素也不會馬上就失去活性,而是慢慢氧化成為失去活性的狀態;但是當來自光反應的ATP與NADPH後繼無力,即使這些酵素還有幾個有活性又如何呢?三、有些國、高中老師認為:因為把植物移到黑暗狀況下以後,卡爾文循環還會繼續跑一小段時間才停止,所以卡爾文循環當然可以叫做暗反應。
這樣的認知其實就是犯了邏輯上的錯誤!我們在第一、二點都提到,在把植物移到黑暗狀況(如太陽下山)以後,卡爾文循環可以繼續進行一小段時間才停止,那是因為還有一些殘餘的ATP與NADPH,同時葉綠體裡面也還有沒用完的質子濃度差繼續用來產生ATP與NADPH;另外是PRK、SBPase、FBPase-1與G3PDH直到被氧化之前也還有活性,所以反應可以再進行一小段時間才停止。
但是這並不代表卡爾文循環可以在無光的狀況下獨立進行啊!這道理就像開車開到一半忽然打了空檔,車子還是可以繼續用殘餘的動力跑一段,並不代表車子可以不用汽油在路上走啊!所以,把卡爾文循環叫做暗反應是不正確的;如果覺得卡爾文循環聽來很難懂,那有另一個稱呼可以使用:碳(同化)反應(carbonassimilation)。
植物進行光合作用的目的,就是要把空氣中的二氧化碳轉化成為有機分子(糖)、成為自己的一部份;稱之為同化(assimilation)是完全正確的。
最後要來發一點小牢騷:或許許多念第三類組的同學的目標都是當醫生,畢竟台語的俗諺也是「第一醫生、第二賣冰」,醫生收入高、社會地位也高,不只在臺灣許多人想當,在美國也一堆人擠破頭想申請醫科;但這並不代表要讓國/高中的生物學除了人體生理學以外,其他通通都可以隨便教隨便學。
人活在這個世界並不是自己過得好就好,光是搬到宜蘭去種個農舍所牽涉到的生態與環境倫理的問題,就不是「我想要有好山好水的生活」這句話所能涵蓋的;週末去山上露個營或是去清境農場的民宿度幾天假,你都有可能正在(幫忙商人)摧殘臺灣的好山好水。
關山的伯朗大道為什麼沒有路燈,這可不是農民有什麼先見之明要讓當地變成一個好景點,而是夜間的路燈照射干擾稻子開花結穗…這些在人體生理學裡面都不會教!p.s.文章刊出後,許多高中老師紛紛說高中課本已修改,不知為何大一的學生還是牢牢記得「暗反應」這件事,所以將文章中的「高中」修改為「國/高中」。
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