Cell：Xist基因與RNA結合蛋白系統被發現

長非編碼RNA(lncRNA)是長達兩百個核苷酸以上的轉錄本，絕大多數位於細胞核內。

雖然lncRNA沒有編碼任何蛋白質，但它們在不同組織和發育階段的表達依然具有特異性，這說明lncRNA具有重要的生物學意義。

在測序技術的幫助下，人們已經發現了數千種lncRNA，但這些lncRNA的生物學功能依然還是個謎。

眾所周知，要了解一個分子的功能，應該去尋找它的搭檔。

2011年，史丹福大學的Howard Chang教授開發了ChIRP技術(chromatin isolation by RNA purification)，該技術可以在全基因組範圍內鑑定RNA與染色質的互作，被不同領域的研究者們廣泛採用。

(延伸閱讀：從互作揭開lncRNA的秘密)

非編碼RNA(ncRNA)往往與蛋白質協作，生成複雜的結構，並參與細胞調控。

為了揭示非編碼RNA-蛋白質複合體(RNP)的組成和動態，Howard Chang教授最近在ChIRP的基礎上開發了質譜分析技術ChIRP-MS。

這是一種RNA導向的蛋白質組學技術(RNA-directed proteomics)，能夠全面鑑定特定非編碼RNA的結合蛋白。

這一成果發表在四月二日的Cell雜誌上。

Howard Chang教授曾入選HHMI2009年早期職業科學家項目(2009 Early Career Scientist Program)，獲得百萬美元資助。

這項計劃會在6年中為每一位入選科學家提供包括薪酬，福利和研究預算在內的，超過150萬美元的經費支持，這些科學家也會被聘為霍華德休斯醫學研究院的全職研究員。

近幾年Howard Chang教授多次在Nature等頂級期刊上發表成果。

研究人員在這項研究中用ChIRP-MS分析了四種ncRNA，捕捉到了與它們發生互作的關鍵蛋白。

Xist是X染色體失活(XCI)所必需的lncRNA。

研究顯示，在X染色體失活的過程中，Xist lncRNA分兩步與多達81種蛋白結合，包括染色質修飾蛋白、細胞核基質蛋白、以及RNA重塑通路(RNA remodeling pathway)中的蛋白。

舉例來說，蛋白HnrnpK參與了Xist介導的基因沉默和組蛋白修飾，蛋白Spen與基因沉默有關。

這項研究為人們提供了一個研究非編碼RNA的有力工具，並由此展示了Xist lncRNA在X染色體失活中起到的具體作用。

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