DNA/RNA 序列中的「N」代表什麼呢? - 有勁的基因資訊
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Oct25Tue201123:16
DNA/RNA序列中的「N」代表什麼呢?
對於初學生物資訊的不知道DNA序列中的「N」是什麼是很正常的,對於有經驗的人,大多也只知道「N」是代表A或T或G或C,其實這個符號是來自NC-IUB(NomenclatureCommitteeofInternationalUnionofBiochemistry)所建議的編號,也稱為NC-IUBcodes或IUBcodes。
IUBcodes可分為兩類,一為StandardBases,一為MixedBases(Wobble)。
StandardBases:
Code
Base
Originofdesignation
G
G
Guanine
A
A
Adenine
T
T
Thymine
C
C
Cytosine
MixedBases(Wobble):
Code
Base
Originofdesignation
B
C,G,orT
not-A,BfollowsA
D
A,G,orT
not-C,DfollowsC
H
A,C,orT
not-G,HfollowsG
V
A,C,orG
not-T(not-U),VfollowsU
R
AorG
puRine
Y
CorT
pYrimidine
K
GorT
Keto
M
AorC
aMino
S
GorC
Stronginteraction(3Hbonds)
W
AorT
Weakinteraction(2Hbonds)
N
AnyBase
aNy
在序列中也許只有「N」常會見到,不過其他的IUBcodes在SNP的分析中可是非常常見的,下次看到SNP分析的報告時,就知道這些字母代表什麼了。
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