基因編輯新紀元?RNA 編輯技術回顧與比較| GeneOnline News
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相較於雙股螺旋DNA,RNA 研究發展和新藥開發的相關知識、技術則前進得較為緩慢。
科學家於1960 年代發現mRNA)的存在,但是RNA 編輯技術的應用一直 ...
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相較於雙股螺旋DNA,RNA研究發展和新藥開發的相關知識、技術則前進得較為緩慢。
科學家於1960年代發現mRNA)的存在,但是RNA編輯技術的應用一直到1990年代開始起步,直至最近20年間,RNA相關的疫苗研發、新藥開發、核准與上市才蓬勃發展。
儘管DNA編輯技術發展較成熟,但DNA編輯發生後就無法回復,是技術發展的一大限制。
相較之下RNA編輯較具有可以修復的彈性,產生的不良反應也比較少。
本期基因線上GeneOnline專題聚焦這項具有潛力的基因編輯技術,分別回顧RNA編輯技術發展歷程、產業動態、專家訪談3大面向,深度介紹RNA編輯的發展進程。
延伸閱讀:自然RNA修飾,基因檢測的新興潛力股!專訪中研院莊樹諄研究員
話說從頭:RNA編輯的起源
RNA編輯的起源,可以回溯到1986年單細胞原蟲體內觀察到的現象。
RobBenne和幾位科學家發表於《Cell》研究發現,原蟲粒線體中轉移突變的細胞色素氧化酶基因轉錄本,帶有4個非由DNA編碼來的外插尿嘧啶(Uracil)序列。
他們於是把尿嘧啶的插入現象,也就是RNA在轉錄後修飾,使其與DNA序列不相應的機制,命名為「RNA編輯」。
隔年,L.M.Powell與另一批科學家很快就在哺乳類體內也發現類似的現象,甚至更為驚人:當RNA編輯將特定序列修飾為終止密碼子(stopcodon),RNA小變動便會使其轉譯出截然不同的蛋白質。
自此,RNA編輯被用於泛指RNA轉錄後的修飾機制,一般而言可依其運作方式分為兩大類。
第1類指RNA插入/刪除(insertion/deletion)現象,此類編輯機制發生在轉錄形成成熟RNA以前,會更動基因組長度。
第2類編輯機制則不會改變RNA總長,而是藉由更動核酸的鹼基對影響其後續作用。
以上2類修飾都會與原始RNA模板產生不同的轉譯結果,也間接提高了生物的遺傳多樣性。
RNA編輯機制一覽:A-to-I、C-to-U及其他
至於RNA編輯涵蓋哪些機制,以下分別從A-to-I、C-to-U和其他兩種衍伸類型,介紹RNA編輯的技術核心。
1.Adenosinetoinosine(A-to-I)編輯
A-to-IRNA編輯是由ADAR催化發生的反應。
ADAR辨識並解開雙股RNA後,將腺苷(A)置換成肌苷(I),是生物體最主要出現的RNA編輯形式。
A-to-I編輯是人體中最常見的RNA編輯機制,人體內這種基因編輯機制的作用目標是Alu元件(Aluelement)。
Alu元件是一段特殊基因片段,它在人類基因體中高度重複出現,佔據11%的基因片段,且人體全部Alu元件中至少包含1億個A-to-I編輯位點,如果這些片段的RNA編輯功能異常會造成神經退化性疾病。
A-to-Iediting/圖片來源:ReferenceModuleinBiomedicalSciences(2019)
2.Cytidinetouridine(C-to-U)編輯
C-to-URNA編輯發生於單股mRNA,催化C-to-U編輯的酵素是APOBEC,APOBEC不僅執行RNA編輯,也會催化特定形式的DNA編輯。
最早在生物體內被發現的C-to-U編輯案例,與小腸載脂蛋白apo-B48和肝載脂蛋白apo-B100有關。
這兩種蛋白質分別在小腸與肝臟作用,但回溯到上游基因轉錄過程,兩種蛋白源自相同的DNA序列,是因為轉錄過程的基因模板發生C-to-U編輯作用,才造成轉譯出兩種完全不同的蛋白質。
C-to-U相較於A-to-I編輯在生物體內相當少見,但若功能異常,仍會導致嚴重疾病。
C-to-Uediting/圖片來源:ReferenceModuleinBiomedicalSciences(2019)
3.應用CRISPR-Cas的RNA編輯技術(Cas-basedADAR)
Cas-ADAR是一種結合DNA編輯與RNA編輯的技術,它的原理是透過執行DNA編輯的Cas9蛋白,和單股導引RNA(sgRNA)結合,再去編輯目標mRNA。
這項技術的好處是既能表現DNA編輯的高編輯效率,也能顧及RNA編輯低脫靶效應(off-target)的優點。
Cas-ADAR與目標RNA的結合力相當高,近幾年有研究便透過以RNA為標的的Cas9(RCas9)技術,修復小鼠體內導致肌肉強直症(myotonicdystrophy)基因。
4.PPR編輯技術
Pentatricopeptiderepeat(PPR)蛋白廣泛存在植物體內,它會結合植物粒線體或葉綠體的基因轉錄本,修飾其RNA序列進而影響植物的光合作用、呼吸作用等功能,這類蛋白的潛力也被應用至RNA編輯技術領域。
在人類現有疾病中,約有15%和RNA編輯異常功能有關,非編碼RNA的基因活性失調更是許多疾病的起因,PPR正好能在其精準編輯的特性上補足臨床應用的需要。
已有研究在人類與小鼠模型中透過PPR蛋白修飾與眼部和神經疾病相關的RNA,將來可能作為老年性黃斑部病變的治療方式。
此外改良的PPR編輯技術也可引導RNA轉錄本在細胞內定位,以提升讀取RNA轉錄本產出蛋白質的效率。
各有千秋:RNA編輯vs.CRISPR
回到基因編輯的技術發展史,不能不提到DNA編輯的霸主CRISPR。
簡單而言,它的原理是透過人工改造形成的單股導引RNA與Cas9蛋白作用後,在DNA序列上執行定點切割。
CRISPR最大技術問題便在於,對基因組造成永久的更動,所造成後續效應不論在生物體本身或者倫理層面都引發相當爭議。
相較之下,儘管RNA編輯技術成本較高,編輯效率不如CRISPR高與應用廣泛,但RNA編輯仍是基因編輯界可矚目的新星。
其轉錄後修飾機制並不會對基因組造成永久性的更動、產生脫靶機率較低、適合在體外進行、再加上參與蛋白ADAR是人體本身就帶有的酵素,不容易引發免疫系統激烈反應,都是RNA編輯應用上明顯具有的安全優勢。
下一篇將延續從RNA編輯的產業概況,進一步介紹RNA編輯的市場應用趨勢。
延伸閱讀:RNA療法全球概況
延伸閱讀:RNA編輯崛起,不再屈居CRISPR之下?專訪JoshuaRosenthal教授
參考資料:1.Cell,1986;https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/3019552/2.Cell,1987;https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/3621347/3.JournalofTranslationalMedicine,2019;https://translational-medicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12967-019-2071-44.ReferenceModuleinBiomedicalSciences,2019;https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B97801280123831136495.CellsReports,2020;https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S22111247203133956.https://www.nature.com/articles/d42473-019-00327-w7.https://www.nature.com/articles/d41586-020-00272-5
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